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Actualmente el yunco esta catalogado por la IUCN (2004) como especie en peligro enfrentando un alto riesgo de extinción. La principal amenaza para la población ha sido la perdida de su hábitat por la extracción de guano, que implica la remoción del sustrato en el que los yuncos excavan sus cuevas(Carboneras 1992). Además la introducción de especies en las islas donde ellos anidan ha resultado en una fuerte presión para la población. Un ejemplo de lo anterior es el caso de Isla Chañaral cuya población de yuncos fue exterminada debido a la introducción de zorros.
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